SIBO : Causes, symptômes
et solutions

Troubles digestifs, ballonnements, diarrhée, constipation, reflux : ces symptômes vous sont peut-être familiers. Et pour cause : ce type de désagrément toucherait environ 15 à 25 % de la population à des degrés divers. Souvent étiquetés comme "syndrome de l'intestin irritable" par la médecine, ces symptômes peuvent en réalité masquer une pathologie chronique encore trop peu connue en France : le SIBO, ou Small Intestinal Bacterial Overgrowth (littéralement "pullulation bactérienne de l'intestin grêle"). Quels sont les différents types de SIBO ? Quelles en sont les causes et quelles solutions peut-on envisager ? Cet article vous propose de faire le point.

Qu'est-ce que le SIBO ?

En termes simples, le SIBO est une prolifération de bactéries dans l'intestin grêle. Lorsque cette prolifération se produit uniquement dans le côlon, on parle plutôt de LIBO pour "Large Intestinal Bacterial Overgrowth".

On pensait autrefois que les bactéries impliquées dans le SIBO provenaient du côlon, mais sauf cas particulier (reflux de la valve iléo-cæcale), ce sont des bactéries naturellement résidentes dans l'intestin grêle, des pathobiontes, qui prolifèrent dans un contexte d'altération de la motricité digestive et de l'absorption. Même si les bactéries impliquées dans le SIBO sont dites commensales — naturellement présentes en très petites quantités — elles deviennent pathogènes lorsqu'elles prolifèrent de manière excessive (d'où le terme pathobionte). Parmi les bactéries les plus fréquemment impliquées : Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Desulfovibrio, Fusobacterium, Methanobrevibacter smithii.

Dans un état physiologique normal, l'efficacité de la digestion (enzymes, acide chlorhydrique, bile), de l'absorption et la vitesse de transit de la partie haute du tube digestif empêchent toute prolifération excessive des bactéries. Tout cela est étroitement régulé par le système nerveux autonome et la qualité de la muqueuse digestive. Contrairement au côlon, la bouche, l'estomac et l'intestin grêle contiennent très peu de bactéries — des zones dédiées à la digestion et à l'absorption.

La défaillance d'une ou plusieurs de ces fonctions aura pour conséquence une malabsorption et/ou une stagnation des aliments, disponibles pour les bactéries (ou levures). La production importante de gaz par les bactéries est responsable des troubles digestifs : ballonnements, flatulences, douleurs, reflux, diarrhée, constipation.

Une méta-analyse portant sur 37 études conclut qu'environ 49 % des patients diagnostiqués avec un syndrome du côlon irritable souffrent en réalité de SIBO.

Les différents types de SIBO

Le SIBO se classe en trois sous-types selon le type de gaz produit.

SIBO à hydrogène (H₂)

C'est le sous-type le plus courant, souvent associé à une tendance diarrhéique. Causé par des bactéries fermentatives telles que Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterococcus spp., et Streptococcus spp., ces micro-organismes métabolisent les glucides non absorbés, produisant de l'hydrogène et entraînant ballonnements, douleurs et diarrhées.

SIBO à méthane (CH₄) — IMO

Ce type est souvent lié à la constipation et se nomme plutôt IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth). Contrairement au SIBO hydrogène, ce ne sont pas des bactéries mais des archées, comme Methanobrevibacter smithii, des micro-organismes distincts des bactéries, résistants et proliférant dans l'intestin grêle comme dans le côlon.

SIBO à sulfure d'hydrogène (H₂S) — ISO

Maintenant appelé ISO (Intestinal Sulfide Overproduction), c'est le sous-type le plus difficile à diagnostiquer et traiter. Causé par Fusobacterium, Desulfovibrio, et Bilophila wadsworthia, ces bactéries produisent du sulfure d'hydrogène, toxique en excès pour la muqueuse intestinale, inhibant la respiration mitochondriale et favorisant un stress oxydatif. Ce type s'associe à certaines MICI et augmente le risque de cancer du côlon.

Quelles sont les causes du SIBO ?

Altération du complexe moteur migrant (CMM)

Le Complexe Moteur Migrant (CMM) est un processus fondamental de motilité intestinale permettant le "nettoyage" de l'intestin grêle en propulsant débris non digérés, mucus et bactéries vers le côlon. Il s'agit d'une séquence rythmique de contractions musculaires survenant pendant les périodes de jeûne, généralement toutes les 90 à 120 minutes.

Selon le Dr. Pimentel, l'intoxication alimentaire constitue une cause très fréquente. Certaines bactéries comme Yersinia, Salmonella, Shigella ou Campylobacter libèrent des toxines incitant le système immunitaire à produire des anticorps "anti-vinculine", pouvant provoquer un mimétisme moléculaire et détruire les cellules de Cajal responsables de la motricité.

Les infections virales constituent une cause très fréquente d'altération du CMM. Des virus neurotropes comme l'herpès de type 1 (HSV-1) ou le virus d'Epstein-Barr (EBV) provoquent une neurodégénérescence entraînant un ralentissement de la vidange gastrique et intestinale. Le COVID, également virus neurotrope, peut réactiver des virus herpétiques comme l'EBV, souvent impliqué dans les COVID longs.

Autres causes d'atteinte du CMM : syndrome d'Ehlers-Danlos (SED), neuropathies diabétiques, sclérodermie, atteinte du nerf vague (traumatisme, infections virales, toxiques), dysautonomie (POTS), maladies neurodégénératives.

Causes hormonales : hypothyroïdie

L'hypothyroïdie, particulièrement le manque de T3, ralentit la motilité digestive : retard de la vidange gastrique, vésicule biliaire paresseuse, diminution des sécrétions enzymatiques. Ces dysfonctionnements créent un environnement propice à la stagnation alimentaire.

Paradoxalement, le traitement par lévothyroxine pourrait être un facteur contributeur au SIBO. La lévothyroxine correspond uniquement à la T4, forme inactive devant être convertie en T3. Si la T4 se convertit en rT3, cette forme agit comme antagoniste de la T3, aggravant l'hypothyroïdie dans certains organes.

Causes iatrogènes

Les causes iatrogènes du SIBO sont fréquentes : opiacés (ralentissement de la motilité), inhibiteurs de pompe à protons (réduction de l'acidité gastrique essentielle pour éliminer les bactéries pathogènes), chimiothérapie (endommagement de la muqueuse), antidépresseurs (altération de la motilité via le système nerveux entérique), antibiothérapies répétées.

Dysfonction physiologique et immunitaire

Une insuffisance pancréatique exocrine, une hypochlorhydrie ou un déficit en IgA sécrétoires peuvent tous contribuer au SIBO. L'hypochlorhydrie entraîne notamment un manque de désinfection du bol alimentaire, permettant une contamination par des germes buccaux agressifs comme Fusobacterium ou Porphyromonas.

La bile, au-delà de faciliter la digestion des graisses, agit comme un désinfectant intestinal. Un déficit en acides biliaires limite cette fonction et favorise la croissance bactérienne excessive.

Comment diagnostiquer un SIBO ?

L'examen de référence mesure les gaz expirés après ingestion d'un substrat, généralement 10 g de lactulose ou glucose. Le patient souffle à intervalles de 20 minutes pendant 3 heures.

Un test est considéré positif si :

• L'hydrogène (H₂) augmente de 20 ppm dans les 90 premières minutes par rapport à la valeur de base
• Le méthane (CH₄) dépasse 10 ppm à n'importe quel moment

Le lactulose est souvent préféré car le glucose est généralement absorbé dans les 20-30 premiers centimètres de l'intestin grêle, entraînant potentiellement des résultats faussement négatifs pour une prolifération distale.

Conséquences du SIBO

Carences nutritionnelles

La malabsorption conduit à des carences fréquentes en vitamine B12 (absorbée dans l'iléon, souvent colonisé), en vitamines liposolubles (A, D, E, K) dont l'absorption dépend d'un pool biliaire adéquat, et en minéraux essentiels (fer, zinc).

Déséquilibres immunitaires et inflammation

Un excès d'hydrogène produit par les bactéries du SIBO s'associe à une augmentation des cellules TH17, impliquées dans l'auto-immunité. Les bactéries Gram négatives libèrent des lipopolysaccharides (LPS) qui augmentent la perméabilité intestinale, activent les récepteurs TLR4 et stimulent la production de cytokines pro-inflammatoires (TNF-α, IL-6).

L'inflammation et la perméabilité intestinale altérée peuvent contribuer à des troubles immunitaires (thyroïdite de Hashimoto), des maladies inflammatoires chroniques, des troubles de l'humeur (axe intestin-cerveau) et des problèmes cutanés (psoriasis, acné, rosacée).

Quelles solutions pour le SIBO ?

Des protocoles naturels et allopathiques existent. L'essentiel est de mémoriser que le SIBO est toujours une conséquence de troubles sous-jacents. Identifier et traiter ces causes est impératif pour espérer une rémission durable.

La prise en charge repose sur :

• Établir un diagnostic précis : quel type de SIBO ? Quelles sont les causes ?
• Adapter la diététique pour soulager : régime FODMAPs (H₂, CH₄), régime pauvre en soufre (H₂S)
• Prise en charge des causes sous-jacentes
• Utilisation d'un combo antimicrobien naturel (berbérine, grenade, neem, origan, allicine) ou allopathique (rifaximine, néomycine)
• Stimulation du CMM par des prokinétiques : gingembre, triphala, 5-HTP, bitters, ou allopathiques (prucalopride, érythromycine à faible dose)
• Utilisation de certains prébiotiques (gomme de guar hydrolysée) ou souches probiotiques ciblées (Bacillus coagulans, Saccharomyces boulardii)
• Travail sur l'amélioration des fonctions biliaires et enzymatiques

Un suivi par un thérapeute connaissant bien ce type de problème est largement préférable au risque de faire des erreurs aggravant la situation.